東京顕微鏡院の歴史は、学術研究の成果を公衆衛生の向上に生かし、いのちを救いたいと願う、創設者 遠山椿吉博士の熱い人間愛から始まりました。 創業以来、政府などからの助成をうけることなく、自主的な経済活動によって社会公益に貢献しています。

1891（明治24）年、日本初の顕微鏡を使った民間検査所として創業した東京顕微鏡検査所は、翌年東京顕微鏡院と改称し、各種検査業務に加えて顕微鏡検査の技術者を養成し、研究や学会誌発行によって学術振興をはかり、一般市民に対し衛生知識の普及啓発を実践しました。
遠山博士は、予防医療の観点から上水道の水質管理に尽力し、東京市衛生試験所初代所長を兼任するとともに、世の人びとの長寿と幸福のため、当院に保健部を新設して健康診査を呼びかけるなど先見的な事業を展開しました。

1927（昭和2）年財団法人となり、2003(平成15)年財団の保健医療部門が医療法人として独立した後も、「すべての人びとのいのちと環境のために」をモットーに、両法人一体経営を行っています。

この創業精神に則り、両法人は一体として、食品の安全、環境衛生や保健医療、健康増進に関わる事業を展開し、利益の一部を社会に還元する公益事業を推進しています。