東京顕微鏡院は、明治24年の創立後、1895（明治28）年に飲料水の検査を開始し、1940（昭和15）年に細菌取扱所の認可を受けて以来、100年以上にわたり、試験検査機関として歩んできました。

１、高い検査技術と品質管理

各検査部門から独立した「信頼性保証」部門を設置し、日々の検査業務における徹底した内部監査体制を構築しています。
また、内部精度管理や外部の第三者機関が行う精度管理のための技能試験に参加し、技術者の育成や技術力の向上に積極的に取り組んでいます。

２、信頼性の保証

検査専門機関としての「公平性」「中立性」を確保して機密保持を確実に行い、長年培ってきた高度な技術と豊富な実績をもとに迅速かつ精確な検査分析を提供いたします。
また、時代ニーズに応えるため最新機器を導入し、創立以来積み上げてきた信頼と実績できめ細やかなサービスを提供します。

１、厚生労働大臣登録検査機関として

わが国の食と環境の安全と安心を守るために、輸入届出された食品等の検査や、水道事業者から委託される水質検査を担う登録検査機関として、食品衛生法および水道法に基づく組織体制と業務規程を遵守しています。

２、分析値の信頼性確保

分析値の信頼性保証を「分析値の使用目的に対して真の値から離れている確率が極めて低いことを、科学的なエビデンスを持ってご依頼者様に示すこと」と定義し、試験法の妥当性確認から分析値に影響を及ぼす様々な要因を管理し証 拠を積み上げることによって保証しています。また、その分析値の信頼性を客観的に評価するため、国内における外部精度管理や国際的な食品検査技能試験（FAPAS）に参加しています。

３、国際的な規格ISO/IEC 17025の認定取得

政府の輸出促進政策により、わが国の農林水産物・食品を世界に発信する試みが活発になり、国内のみならず海外の人々へも食に関する安全性確保が重要になります。そのため、検査の分析値の品質を国際的に保証できるISO/IEC 17025：2017 を取得しています。※

※放射能試験、食品添加物（ソルビン酸、安息香酸）、残留農薬（クロルピリホス）、動物用医薬品（クロラムフェニコール）、重金属（鉛、カドミウム）、細菌数（生菌数）、大腸菌群、E.coli